Arrêt maladie long : l'indemnisation passe de 3 ans à 1 an

Une maladie qui impose de s'arrêter des mois, parfois plus d'un an, c'est déjà une épreuve. La question de l'argent vient souvent s'y ajouter. Et pour une partie des salariés, elle va se poser plus tôt qu'avant.

Deux décrets parus au Journal officiel le 18 septembre 2026 raccourcissent la période pendant laquelle l'Assurance maladie verse des indemnités journalières pour certains arrêts de longue durée. La mesure s'appliquera dès le 15 octobre. Voici qui sera touché, ce qui se passera pour les arrêts déjà en cours, et comment s'organiser.

Ce que prévoient les deux décrets

Les textes portent les numéros 2026-866 et 2026-867, datés du 16 septembre. Ils visent un régime particulier, réservé aux arrêts longs qui ne relèvent pas des affections de longue durée prises en charge à 100 %. Le premier décret s'attaque aussi aux abus de prescription, qui pourront être sanctionnés financièrement.

De trois ans à un an

Jusqu'ici, un salarié atteint d'une maladie l'obligeant à s'arrêter au moins six mois pouvait toucher des indemnités journalières pendant trois ans au maximum, soit 1 095 jours pour une même affection. À partir du 15 octobre, cette durée tombera à un an pour les personnes concernées.

Un an de reprise pour rouvrir des droits

La seconde nouveauté porte sur les rechutes. Pour bénéficier d'une nouvelle période d'indemnisation d'un an au titre de la même maladie, il faudra avoir repris le travail pendant au moins un an. Une reprise de quelques semaines ne suffira donc pas à relancer le compteur.

Qui sera concerné ?

Tout dépend de la nature de la pathologie et de sa reconnaissance par l'Assurance maladie. La frontière passe entre deux catégories d'affections de longue durée que l'on confond souvent. Elle décide de qui garde ses trois ans.

Les arrêts longs hors ALD exonérante

Le changement vise les salariés en arrêt de longue durée pour une maladie qui n'ouvre pas droit à une prise en charge des soins à 100 %. Les médecins parlent d'ALD non exonérante. Ce sont par exemple certaines pathologies longues mais absentes de la liste officielle, ou non reconnues comme graves par le contrôle médical.

Ceux qui gardent leurs trois ans

Les salariés en ALD exonérante ne sont pas touchés. Cela concerne les maladies inscrites sur la liste officielle des pathologies nécessitant un traitement prolongé et coûteux. Cela vaut aussi pour un trouble grave hors liste, ou pour plusieurs affections formant un état invalidant, dès lors que le service du contrôle médical l'a reconnu. Pour eux, l'indemnisation pourra toujours durer trois ans.

Les arrêts ordinaires

Pour les arrêts courts ou répétés, rien ne change non plus. La règle reste celle d'un maximum de 360 indemnités journalières sur une période de trois ans. La réforme ne touche que le régime dérogatoire des absences de plus de six mois.

Les arrêts en cours : attention à la date des six mois

C'est le point le plus délicat de la réforme. Un arrêt commencé avant le 15 octobre ne garantit pas, à lui seul, de rester sous l'ancienne règle. Ce qui compte, c'est la date à laquelle il atteindra six mois.

Plus de six mois au 15 octobre

Les salariés qui seront déjà en arrêt depuis plus de six mois à cette date resteront soumis à l'ancien régime. Ils pourront être indemnisés pendant trois ans au maximum, comme prévu au départ. Un salarié arrêté depuis mars 2026, et toujours absent à la mi-octobre, entrera dans ce cas : il aura franchi ce cap avant la date fatidique.

Moins de six mois : la nouvelle règle s'appliquera

En revanche, la limite d'un an s'appliquera aux arrêts prescrits à partir du 15 octobre, mais aussi à ceux qui, déjà en cours, franchiront le cap des six mois après cette date. Prenons un salarié absent depuis le 1er juin 2026. Il franchira ce seuil le 1er décembre, donc après le 15 octobre. Il basculera sur la nouvelle durée maximale, alors même que sa maladie avait débuté bien avant la réforme.

Comment s'y préparer ?

Personne ne choisit la durée de sa maladie. Mais quelques démarches permettent d'éviter d'être pris de court le jour où les indemnités s'arrêtent. Mieux vaut les engager tôt, sans attendre la fin de l'année d'indemnisation.

Faire le point avec son médecin

Le médecin traitant connaît le calendrier de la maladie mieux que quiconque. Il peut aider à savoir dans quelle catégorie l'affection se range, et si une demande de reconnaissance en ALD exonérante a du sens. Il peut aussi envisager une reprise progressive en temps partiel thérapeutique, qui permet de retravailler à son rythme tout en restant suivi.

Un indice simple pour savoir où l'on se situe : un patient en ALD exonérante dispose d'un protocole de soins signé par son médecin traitant et validé par l'Assurance maladie. Les traitements liés à sa pathologie sont alors remboursés à 100 %. Sans ce document, il y a de fortes chances que l'arrêt relève du régime qui passera à un an.

Vérifier sa prévoyance

Beaucoup de salariés bénéficient, sans toujours le savoir, d'un contrat de prévoyance souscrit par leur employeur. Il complète souvent les indemnités de la Sécurité sociale et peut prévoir des garanties au-delà d'un an d'arrêt. Le service des ressources humaines ou la notice du contrat donnent la réponse. C'est le premier document à ressortir.

La convention collective peut aussi prévoir un maintien de salaire par l'employeur pendant une partie de l'arrêt, selon l'ancienneté. Ces garanties n'ont pas été modifiées par les décrets. Elles pèseront d'autant plus lourd dans le budget du foyer que les indemnités de la Sécurité sociale s'arrêteront plus tôt.

Anticiper la suite

Lorsque la maladie réduit durablement la capacité de travail, une pension d'invalidité peut prendre le relais selon la situation. Le dossier se prépare avec le généraliste et le médecin conseil de l'Assurance maladie. Le compte ameli permet de suivre ses indemnités jour après jour et de voir venir la fin de la période indemnisée.

La réforme s'appliquera dans deux semaines. Pour les salariés absents depuis peu, le bon réflexe est de calculer dès maintenant la date de leurs six mois d'arrêt. C'est elle qui dira si leur indemnisation pourra durer trois ans, ou seulement un.